继承了奥特曼基因的少年进次郎，穿上了新型机甲奥特曼装甲，却发现他要对抗的不仅是外星怪兽，还有暗中操控人类的影子政府“星团议会”。
第三季大结局篇。初代奥特曼早田进次郎已成为成熟的机动奥特曼。但地球迎来前所未有的危机：多个巨型怪兽同时降临东京、纽约、上海。进次郎与同伴们驾驶最新“崛起型”机甲作战，却发现在怪兽背后，是人类科技组织“星团议会”利用外星生物制造武器，企图清除低端人口，建立新世界秩序。议会首领竟是进次郎已“死”的导师。进次郎在信念崩塌之际，得到父亲早田进（通过AI意识上传）的指引：“奥特曼不是神明，是选择成为英雄的人。” 最终，进次郎没有破坏议会，而是让机甲变形为“光之巨人”形态，在全球直播中公开议会的罪行。民众自发反抗，议会倒台。结尾，进次郎脱下机甲，说：“现在，轮到每一个人类保护地球了。” 彩蛋：一只幼年怪兽从废墟中爬出，被一个小女孩收养。
机甲战斗作画堪称业界天花板，每一帧都烧钱。本季最大亮点是对“英雄组织化”的批判——当正义变成机构，谁又来监督正义？文戏量多但扎实，结局的“非暴力解围”提升了整个系列的格局。
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